De façon générale, chaque Eglise de Scientologie a une personnalité juridique distincte et possède son propre conseil d’administration. La direction ecclésiastique de chaque église est pleinement responsable des services religieux qui sont dispensés à ses paroissiens.

Il existe une Eglise mère, l’Eglise de Scientologie Internationale (en anglais Church of Scientology International : CSI), qui a son siège à Los Angeles. L’Eglise mère supervise les activités ecclésiastiques de toutes les églises, organisations et groupes de Scientologie dans le monde. Elle veille à ce que les églises soient guidées dans leur ministère. L’Eglise de Scientologie Internationale fournit également les plans et les orientations nécessaires pour soutenir le développement international de l’Eglise.